进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并

进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。