蕾普莉（西格妮•韦弗SigoureyWeaver饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动

年轻女医生Tatiana Yurievna因为使用具争议的技术而差点被吊销医师执照。但她被军方招募来到一个机密的研究机构，协助研究一个特别的案例，太空人Konstantin Sergeyevich。这位太空人历经神秘的太空意外后幸存返回地球，体内却多了外星生物，而且这个神秘生物只在深夜时现身。军方想拥有这个外星生物进行邪恶的计划，但女医生只想阻止外星生物杀害太空人。

主要讲述了博士和克拉拉陷入了被异形攻击的事。