故事背景在1915年京杭大运河上的窑湾古镇，坊间传言青陶龙鼎在窑湾古镇现世，于是一心复辟帝制的封建余孽，外国文物贩子，护国讨袁的爱国人士纷纷来到窑湾，掀起了一场寻宝，夺宝，护宝的传奇。

囧探宝爷（刘德华 饰）与侠盗洛家豪（黄晓明 饰）强强联手，与世界恐怖组织抢夺“上帝种子”，所谓“上帝种子”是一种神奇的种子，无论丢在哪里，只需要一点水，就可以迅速长出参天大树。而唯恐天下不乱的恐怖组织居然拿到了这种神奇的“上帝种子”，试图改变甚至掌控这个世界。为了维护世界和平，宝爷和家豪在A梦（王祖蓝 饰）、洛家欣（欧阳娜娜 饰）等人的帮助下，冒险夺宝拯救世界的故事。

大明建文四年，燕王朱棣带兵攻入应天，夺取政权。建文帝朱允炆火烧皇宫，携带无数金银珠宝和稀世珍品秘密潜逃，不知所踪，成为历史之谜。多年后，绝世宝藏重现人间，东厂在屠浮宫设鉴宝大会。消息一出，便在江湖上掀起轩然大波，各类奇人异士齐聚，大会上暗流涌动。岂料，展出的竟是寒玉宝箱！此时，江湖人称盗圣一枝梅的沈鸢率天机门现身夺宝。与此同时，锦衣卫千户慕锋乔装入局，出手为一枝梅解围。一枝梅以强力攻势夺得寒玉宝箱，而在宫殿的黑暗处，身着夜行衣的锦衣卫死侍正悄然走来……江湖令下，一枝梅遭全城通缉，锦衣卫与东厂为夺宝藏已是势