反军阀组织飞鸟会成员姜瑶，为接近纵情的军阀严玄，假意伪装成地下拍卖会的展品，意图被其拍下。眼见目标就要落入陷阱，却不想在竞价时，竟有一神秘人给出高价将姜瑶拍下。计划被打乱，万众瞩目下，神秘人踏光而来，

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。

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