《圣斗士星矢：黄道十二宫战士》每集将有30分钟左右的时长，并将一次性播出完毕。故事内容则包含“银河战争篇”以及“白银圣斗士篇”。

在城户沙织以“银河战争”的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光于天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神“厄里斯”在彗星“雷帕鲁斯（Repulse）”的引导下再次袭击地球，企图为大地带来流血混乱。为了粉碎她的野心，身为雅典娜的侍女的圣斗少女们陆续展开了激斗！

最后的时刻即将来临！距离弑神之箭刺穿雅典娜的心脏只剩下五个小时了。唯一能够拯救雅典娜的人，就是坐在圣殿顶端的教皇。不过，星矢和四位青铜圣斗士们要想到达教皇厅，就必须突破黄金圣斗士守护的十二宫。距离抵达教皇厅前还有五座宫殿。星矢和他的朋友们能否击败阻挡他们的强敌，到达隐藏着令人震惊的真相的教皇厅？