进取号被召回地球，发现星际联盟内部出现了一股不可阻挡的恐怖势力，威胁到星际舰队的存亡和其所代表的一切。世界危在旦夕。为了解私人恩怨，Kirk舰长率领进取号深涉险境，追捕恐怖份子。我们的英雄开始了一场生死游戏，爱情被考验，友谊被摧毁，为了Kirk唯一剩下的家人——他的船员，不得不做出牺牲。

一名叫尼克·摩顿（汤姆·克鲁斯饰）的海豹突击队成员，在执行任务期间，意外地带着自己的小队闯入一个地下古墓，队员经过重重磨难全部丧生，只剩下尼克·摩顿一个人。木乃伊公主安玛奈特（索菲亚·宝特拉饰），遗恨千年后重返人间，誓要在新世界再建属于她的埃及王朝。后来尼克与珍妮·哈尔西（安娜贝拉·沃丽丝饰）及一班军人坐上运送棺木的飞机。飞机突然被一大群鸟袭击失事，千钧一发之际尼克·摩顿为珍妮戴上降落伞，英雄救美最后牺牲了自己 。