在近未来，西太平洋上突然出现了超巨大停滞性台风『GROUND ROAR』。因为它的出现，世界的气候发生了巨大的变化。受它的影响，世界各地的海平面上升，海流、气候发生严重的变动，以亚洲为中心，给世界各地带来了巨大的灾害。　　这场自然给人们带来的灾害被后人们称为『CASE OMEGA』，它所带来的巨大伤痕永久的记录在了历史中。　　『GROUND ROAR』发生后50年，人类血汗的努力终于有了成果，海洋航线的重要性再次被人们所认识到、并迎来了第2次大航海时代。但是，暗中活动的现代化恐怖组织『海贼』们并不

拥有幸福美满生活的大兵福德·布罗迪，内心隐藏着一个挥之不去的阴影。15年前，他和父亲乔伊、母亲桑德拉生活在日本。父母供职于一座大型核电站。就在福德的爸爸生日当天，一场突如其来的灾难摧毁了核电站，他的母亲在灾难中丧生，语焉不详的政府隐瞒真相，以防止核辐射的名义封锁了该地区。但是乔伊却从种种异状觉察到反常之处，十五年来他一直试图揭开当天的灾难之谜，终于发现这一切都是由一只如山一般巨大的怪兽所引起。怪兽哥斯拉从沉睡中苏醒，令人难以预测的灾难席卷而来……

宇宙发生了异变，新的强敌出现！许多不该出现的凶恶怪兽和外星人纷纷出现！有人在偷偷谋划一场巨大的阴谋，如今，阴谋渐渐浮出水面。众多奥特战士们联手，前来解开谜团的真相。