成为“妖怪”们智慧之神的少女岩永琴子一见钟情的对象樱川九郎居然是一个连“妖怪”也畏惧三分的男人！？这2人所遇上的异想天开事件和恋情将会何去何从呢？令人惊愕的恋爱☓传奇☓推理故事就此开始！

在这一季中，博士和克莱拉利用时光机在各个不同空间的探险，他们继续闯荡时空，解决各种问题！博士的宿敌戴沃斯则用计谋将博士、克莱拉和密西带到了斯卡洛星上。博士和戴沃斯正面较量，最终博士识别了戴沃斯的诡计，并击败了他。之后他们来到一个水下基地，在这里，他们又碰到了几个鬼魂以及基地的几名船员，聪明的博士最终击败这些鬼魂，拯救了船员。为了击败泥沼怪，阿希尔达失去了生命。博士内心深处的善良的本性促使他使用永生的力量救活了阿希尔达，但阿希尔达对博士的感情却从最初的崇敬，逐渐变成了憎恨。之后博士和克莱拉一起经历了赛冈星人