为了抓捕凶恶的反派人物，开发出了便携式捕获装置“DISK（天雷碟）”。但是由于洛基的阴谋，出现了数量惊人的反派，甚至连超级英雄们也都被抓到了天雷碟之中，这些天雷碟散落在了世界各地！在一片混乱之下，五个少年通过一个“Bio code（生物密码）”的程序获得了将天雷碟中封闭的英雄实体化的能力。九死一生的蜘蛛侠取回了五枚天雷碟并把它们交给了少年们，依靠少年们的能力复仇者联盟也得以实体化！洛基究竟有什么阴谋呢？遍布地球的天雷碟争夺战一触即发！复仇者联盟和少年们通力合作，使用各自的能力和必杀技能迎接重重挑战。

最先与灭霸军团遭遇的雷神索尔一行遭遇惨烈打击，洛基遇害，空间宝石落入灭霸之手。未几，灭霸的先锋部队杀至地球，一番缠斗后掳走奇异博士。为阻止时间宝石落入敌手，斯塔克和蜘蛛侠闯入了敌人的飞船。与此同时，拥有心灵宝石的幻视也遭到外星侵略者的袭击，为此美国队长、黑寡妇等人将其带到瓦坎达王国，向黑豹求助。幸免于难的索尔与星爵一行相逢，随后他们兵分两路。索尔与火箭、格鲁特踏上再铸雷神之锤的旅程，星爵则与卡魔拉等人试图阻止灭霸的恶行。而知晓灵魂宝石下落的卡魔拉，同样是其义父灭霸追踪的对象。攸关整个宇宙命运的史诗战役全面

一声响指，宇宙间半数生命灰飞烟灭。几近绝望的复仇者们在惊奇队长的帮助下找到灭霸归隐之处，却得知六颗无限宝石均被销毁，希望彻底破灭。如是过了五年，迷失在量子领域的蚁人意外回到现实世界，他的出现为幸存的复仇者们点燃了希望。与美国队长冰释前嫌的托尼找到了穿越时空的方法，星散各地的超级英雄再度集结，他们分别穿越不同的时代去搜集无限宝石。而在这一过程中，平行宇宙的灭霸察觉了他们的计划。